Entendendo as diferenças:
A principal diferença entre os certificados A3 "sem mídia" e A1 reside no armazenamento da chave privada do usuário:
CERTIFICADO A1: A chave privada é armazenada no próprio computador do usuário.
A3 "sem mídia": A chave privada é armazenada em um dispositivo portátil (de sua escolha que deverá ser comprado), como um token USB ou cartão inteligente, e sempre que for utilizar, será necessário conectá-lo ao computador.
Assim, o certificado A1 fica constantemente no computador instalado, enquanto o A3 aguarda sempre uma midia (cartão ou token) para ser inserida e utilizada.